一、在分隔内间和外间的墙壁或者“隔扇”上，应开一个小窗，用作接种过程中必要的内外传递物品的通道，以便减少人员进出内间的次数，降低污染程度。小窗宽60cm、高40cm、厚30cm，内外都应挂对拉的窗扇。
二、无菌实验室容积小而严密，使用一段时间后，室内温度很高，故应设置通气窗。通气窗应该设在内室进门处的顶棚上(即距离工作台最远的位置)，最好为双 层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式的窗扇。通气窗可以在内室使用后、灭菌前开启，以流通空气。有条件的可以安装恒温恒湿机。
三、无菌实验室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。房间的容积不宜过大，以便于空气灭菌。最小内间面积2×2.5=5㎡，外间面积1×2=2㎡，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。
四、内间应当设拉门，以便减少空气的波动，门应该设在离工作台最远的位置上;外间的门最好也采用拉门，要设在距离内间最远的位置上。
无菌实验室主要用于产品的无菌检测，在检测全过程均应实施无菌操作，严防因污染而出现假阳性的检测结果。所以，其布局、设计和建造应该有利于避免交叉污染、便于清洁以及日常的维护，以保证高洁净度无菌实验的环境。
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